En el año 701 se estableció el código Taiho que regulaba el sistema político y el departamento médico de la corte imperial. En él se detallaban especialidades médicas como Dermatología, Pediatría, Medicina Interna y también terapias como Acupuntura y masaje. Gracias a este código, el Anma fue incorporado como masaje oficial.

Durante la época Edo (1603-1867), el gobierno Japonés separó algunas técnicas del Anma, como el Ampuku o masaje realizado en el abdomen, así la práctica del Anma fue casi olvidada, hecho que no sucedió debido a la hazaña de un invidente llamado Sugiyama Waichia, que poseía el título de Kengyo (rango social más alto entre los ciegos) y que tenía el privilegio de practicar Anma.

Éste tuvo la oportunidad de curar de una grave enfermedad al quinto Shôgun Tsunayoshi el cual, en agradecimiento, le concedió un deseo. Sugiyama solicitó que le permitiera enseñar Anma a otras personas ciegas, por lo que se convirtió en un masaje practicado típicamente por invidentes.

El Ampuku continuó practicándose fuera del Anma. Los expertos en esta modalidad se pasaban hasta doce años practicando esta técnica hasta lograr dominar el tratamiento y el diagnóstico a través de la palpación de los órganos.

En 1827 Shiusai Ota escribe el primer libro sobre Ampuku y en 1919 Tamai Tempaku escribe el primer libro sobre Shiatsu llamado 'Shiatsu Ho'. Muchos terapeutas fueron influenciados por estos textos, por lo que el Shiatsu comenzó a popularizarse.

En 1925 algunos terapeutas forman la Asociación de Terapeutas de Shiatsu para diferenciarse de los masajes de sauna y así es como se estableció oficialmente dentro de los masajes terapéuticos.

En esta época fueron llegando diversas influencias occidentales sobre masaje y medicina, como la Quiropráctica (terapia que utiliza la manipulación de la espina dorsal para aliviar problemas orgánicos) y la Espondiloterapia (técnica que estimulando los órganos regulaba la función espinal). Estas dos técnicas fueron dando forma a lo que hoy conocemos como Shiatsu.

En 1940 Tokujiro Namikoshi fundó la primera escuela de Shiatsu, el Japan Shiatsu Institute, que más tarde pasó a llamarse Japan Shiatsu College de Tokio. Su sistema estaba basado en la presión de puntos en líneas localizadas anatómicamente y además separó el concepto de energía de su sistema para difundir la terapia en un contexto racional, de esta forma obtuvo la aceptación de la clase médica.

En 1957, el Shiatsu de Namikoshi recibe oficialmente la licencia por parte del Ministerio de Sanidad, a partir de entonces se divulga por TV y se da a conocer en Estados Unidos y en Europa.

Después de la II Guerra Mundial los Estados Unidos ocuparon Japón. El general MacArthur exigió la prohibición de la práctica de las diferentes técnicas orientales, exceptuando la acupuntura.

Muchos invidentes se quedaron sin trabajo, lo que atrajo la atención de una famosa escritora sordomuda llamada Hellen Keller, defensora de los ciegos. Ésta hizo una petición al presidente Truman para que volviesen a admitir estas terapias, consiguiéndolo.

En 1970, Shizuto Masunaga, un profesor del Japan Shiatsu College, al no estar de acuerdo con la rigidez de las enseñanzas de la escuela Namikoshi fundó la suya propia, el Io-Kai Center de Tokio. Creó un estilo de Shiatsu basado en una filosofía más tradicional, incorporando nuevas formas de presión y nuevos recorridos de meridianos que él intuyó. A este sistema le llamó Shiatsu Zen.

Masunaga difundió sus enseñanzas por Estados Unidos y Europa, siendo su estilo de Shiatsu el más conocido fuera de Japón. Así, actualmente, los dos estilos más representativos que existen son: el Shiatsu de Namikoshi y el Shiatsu Zen